9月29日，卢万杯首轮第二轮在各地举行。
水户蜀葵以7比0大胜福岛联FC。浦和红钻以3比2险胜富山胜利，磐田喜悦以4比2击败千叶市原。鸟取飞翔以2比0完胜长崎成功丸，鸟栖砂岩则在加时赛后以2比1击败东京绿茵。
第二轮全部16场比赛结果如下。
冈山绿雉 2比1 北海道札幌冈萨多
横滨水手 2比1 山形山神
广岛三箭 2比0 栃木市
浦和红钻 3比2 富山胜利
磐田喜悦 4比2 千叶市原
大阪樱花 2比1 藤枝MYFC
鸟栖砂岩 2比1 东京绿茵（加时）
水户蜀葵 7比0 福岛联FC
松本山雅FC 1比0 新潟天鹅
清水心跳 2比0 金泽塞维根
横滨FC 2比1 FC岐阜
福冈黄蜂 2比1 FC大阪（加时）
鸟取飞翔 2比0 长崎成功丸
FC东京 2比0 爱媛FC
名古屋鲸鱼 3比1 北九州向日葵
川崎前锋 1比0 熊本深红